Wobec pierwszego projektu nowelizacji ustawy o krajowym systemie cyberbezpieczeństwa, (Projekt z dnia 7 września 2020 r.) w trakcie konsultacji publicznych prowadzonych na przełomie września i października kilkadziesiąt organizacji zgłosiło swoje uwagi. Podnoszono zwłaszcza, że projekt nie zawierał procedur postępowania w sprawie oceny ryzyka dostawcy sprzętu lub oprogramowania, w tym nie przewidywał żadnego środka odwoławczego. W Ministerstwie Cyfryzacji opracowano nowy projekt nowelizacji (Projekt z dnia 20 stycznia 2021 r.). Trudność projektu polega na potrzebie pogodzenia środków chroniących bezpieczeństwo narodowe z podstawowymi zasadami regulującymi postępowania przed organami administracji publicznej. Nie jest to problem zupełnie nowy, występuje on w wielu innych dziedzinach, gdzie w grę wchodzi bezpieczeństwo państwa. Pozbawienie przedsiębiorców uprawnień procesowych może skutkować niepotrzebnym rozżaleniem i próbami dochodzenia podstawowych praw na drodze sądowej.